O Rubro-Negro também conseguiu passar pelo Flamengo após perder o jogo da ida pela primeira vez na Copa do Brasil. Em 2003, o Leão caiu nas quartas de final com derrota como visitante, por 2 a 1, e como mandante, por 3 a 1.
Na temporada seguinte, deixou escapar a chance de disputar a final depois de sofrer 2 a 1, em Salvador, e 2 a 0, no Rio de Janeiro.Em 1998, o Vitória também passou pelo Flamengo em um mata-mata de Copa do Brasil, mas o Rubro-Negro de Salvador havia vencido o jogo de ida por 5 a 0 e perdido a volta por 5 a 2.
O Vitória agora chega a R$ 5 milhões em premiação na Copa do Brasil, sendo R$ 2 milhões por disputar a quinta fase e mais R$ 3 milhões por se classificar às oitavas.
O Vitória agora aguarda sorteio do próximo adversário da Copa do Brasil. Antes de voltar a campo pela competição, a equipe rubro-negra tem compromissos pela Série A e Copa do Nordeste.
